第一，在政治领域，伊朗从政教分离回归政教合一，霍梅尼主张建立伊斯兰政府，实现伊斯兰教法学家的统治；反对君主制，建立共和制的立宪政府。 霍梅尼关于伊斯兰政府的性质、职能，关于教法学者的权力和作用的主张，基本上都作为伊朗伊斯兰共和国的指导思想付诸实施。但是，这并不意味着近代以来一直困扰伊朗的宗教与世俗矛盾关系得到了彻底解决。如果说巴列维王朝的世俗政权始终面临宗教传统及其势力的挑战的话，那么霍梅尼时期的伊朗伊斯兰政权则始终面临世俗文化及其势力的挑战，宗教与世俗的矛盾关系依然存在于伊朗的政治发展之中。 在后霍梅尼时代，宗教与世俗的矛盾在某种程度上已经转化成改革派和保守派之间、反对派与政府之间的矛盾主线困扰伊朗的政治发展。

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